À Assessoria Especial de Gerenciamento do Programa de Transporte Urbano (AEGP) compete a coordenação das ações necessárias à implementação do Programa, interagindo, supervisionando, orientando os organismos coexecutores, parceiros, contratados e demais envolvidos. Cabe a AEGP gerenciar os recursos aplicados, acompanhar as obras e serviços de engenharia, os programas ambientais e sociais, além de monitorar e avaliar os resultados da sua implementação.